Во время учёбы в университете Мангейма, где она изучала политологию, Котар была членом партии ХДС, однако в 2013 году она присоединилась к партии «Альтернатива для Германии» и вскоре после этого стала сопредседателем АдГ в Гессене. Летом 2014 года, после внутренних разногласий среди членов партии, Котар подала в отставку. Она объяснила своё решение тем, что не согласна с политикой председателя земельной ячейки АдГ Гунтера Никеля (Gunther Nickel) по объявлению выговоров членам партии. В 2013 году Котар участвовала в выборах в парламент Гессена и заняла в списке 6-е место. Однако в тот год партия не преодолела 5% голосовой барьер и не получила ни одного мандата.
На федеральных выборах 2017 года партия, которую представляла Котар, вошла в Бундестаг, Йоана стала одной из шести кандидатов из регионального списка. В Бундестаге она представляла комитет по цифровой сфере деятельности, комитет по делам ЕС, а также комитет по внутренним делам. На федеральных выборах в 2021 году Котар снова прошла в Бундестаг от АдГ, однако после того, как она и некоторые другие депутаты выступили с критикой в адрес другого представителя партии Тино Хрупаллы (Tino Chrupalla), она больше не выдвигала свою кандидатуру в федеральный исполнительный комитет АдГ.
21 ноября 2022 года Котар объявила о выходе из партии АдГ. Она обвиняет партию в постоянной травле, а также в том, что АдГ отказалась от ранее занимаемого политического курса, который был «вне идеологических влияний реальной политики на благо Германии». Бывшая правопопулистка считает, что партии перешла допустимые границы – например, Котар заявляет о коррумпированных взаимоотношениях внутри партии и о сторонниках политики Владимира Путина среди высшего руководства партии. Помимо этого, бывшую соратницу АдГ возмущает снисходительное отношение партии к диктаторским и бесчеловечным режимам в Иране и Китае. Это, по мнению политика, несовместимо с принципами демократии.
Котар считает, что вместо того, чтобы отстаивать интересы Германии, партия «Альтернатива для Германии» ведёт лоббистскую политику. При этом Йоана заявила, что останется в Бундестаге и будет работать как независимый депутат.
Анастасия Краденова